但笛卡尔却不这么认为，他说肉体还不配称为“我”，“我”应该是精神性的。
“我”是唯一不可以进行怀疑的对象
怀疑论是笛卡尔哲学的起点，他把错误的东西和不能确定的东西都列入怀疑的对象里，用吹毛求疵的眼光对它们进行逐一检查。
我们曾认为自己接触到了事实，但是有时候我们明明在睡梦里，却还把假象当成了现实。我们梦见自己成为了亿万富翁，在梦境里我们也相应地感到愉悦，而不是悲伤；同样，当我们梦到身边的人离世时，我们也会在梦里放声大哭，而不是反常的大笑——这说明梦中的我们总是把梦境当做现实来看待。既然我们无论是清醒还是做梦，都会把接触到的对象当做事实，那么我们要怎么区分梦境与现实呢？我们又怎么知道自己现在不是正处于迷梦状态中呢——每一次惊醒都是对做梦的证伪，但假如一个人在梦中离世，永远没有清醒的时候，那么他是否永远也就不会发觉到自己是在做梦呢？
因此笛卡尔要求我们不要过于轻信眼前的东西，人类理智的一个弱点就是对任何灌输、宣传进来的东西轻信不移，为了把一根弯了的棍子掰直，我们就得往反方向用力——既然别人曾用洗脑灌输来造成我们的轻信，那么我们就应该用怀疑来进行抵抗，并且把任何不能确定的东西都纳入怀疑的范围之中。
我可以怀疑我现在是在做梦，我所看到的东西其实都是假的，我没有感官、没有手脚，眼前的物体、广延和运动都是我心里虚构出来的——任何东西我都可以怀疑，但是有一个对象是例外，那就是“我”。
是“我”在进行着怀疑，“我”怀疑一切，否定一切的存在，但“我”不能怀疑自己，不能否定自己的存在，否则怀疑也就不能继续了，没有了“我”，也就没有了怀疑的想法——“我”是怀疑的起源。当我在进行怀疑的时候，就证明我存在着，这便是“我思想，我存在”，也叫“我思故我在”。
因此，“我思想，我存在”是不容置疑的，它才配称得上第一哲学原理。
“我”本质上就是一个在思维的东西
从“我思想”可以推出“我存在”，但从“我存在”却不能推出“我思想”，因为我可能是一块没有思想的木头或石头甚至是植物人——虽然我存在着，但我并没有思想。如果我在思想，那么我必然存在，而这种具有思想的存在、这种在思想中的“我”就不可能是肉体，而是精神。因为肉体不能思想，只有精神才能进行思想。
所以，笛卡尔认为“我”并不是肉体和精神的统一，“我”只是精神而已，他写道：
“‘我’究竟是什么呢？是一个在思维的东西。什么是一个在思维的东西呢？那就是说，一个在怀疑、在领会、在肯定、在否定、在愿意、在不愿意，也在想象，在感觉的东西。”
或者说“‘我’只是一个在思维的东西，也就是说一个精神、一个理智或者一个理性。”
笛卡尔哲学中的“我”已经把“身体的我”排斥出去了，只留下“灵魂的我”，所以当他说“我思故我在”时，不要把这里的“我”理解为一个有着肉体的人，而是理解一个正在进行怀疑着的精神——“精神在怀疑，所以精神是存在的。”这是“我思故我在”的真意，要是解释为“我的头脑思想，所以我的肉身才能存在”，那就是牛头不对马嘴了。
笛卡尔的哲学是一种二元论的哲学，他坚决把精神与物体割裂开来，认为前者的本质是思维，后者的本质是广延。对于伽森狄和霍布斯机械地把精神理解为一种精细的物体或原子，他表示坚决反对；同样，对于那些不相信感性确定性，动辄否认世界存在，把一切都说成虚幻的疯子，笛卡尔批评他们的大脑“让胆汁的黑气扰乱和遮蔽”了。
笛卡尔的哲学中充满着矛盾，他在《哲学原理》中说观念是天赋的，与身体无关；而在《论人》和《论胎儿的形成》里又说人体这台机器是由“动物灵魂”来发动的，而“动物灵魂”又存在于人体的松果体中。他割裂了思维与存在的关系，但对于思维与存在哪个在先，却给出不同的答案。
显然，笛卡尔的哲学与唯物主义存在区别。唯物主义者认为精神只是物质的一种属性，是身体（特别是人脑）所派生出来的；而笛卡尔却否定掉了这种派生关系，他把精神当做“在思维的东西”而不是“思维本身”抽象出来，与身体对立着，精神可以脱离身体而存在，这必然要倒向唯心主义。
但是，笛卡尔的哲学又不同于唯心主义，他从未说过身体是由精神派生出来的，从来没用否认身体的存在，更没用说过只有我思维过的东西才能存在。他承认物质世界的客观性，并热情地对其加以研究，写出了《折光学》、《大气现象》和《论世界》等著作，又有着自发的唯物主义倾向。
笛卡尔既是一名传统的形而上学家，又是一名出色的科学家，在他死后，形而上学方面被唯心主义者马勒伯朗士和莱布尼兹发扬光大，形成十七世纪的笛卡尔学派；而在更晚的十八世纪，笛卡尔的科学思想开始传播，最终形成了由乔治·卡巴尼斯、拉·美特里等人组成的机械唯物主义。
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