蝙蝠的繁殖方式为胎生，属于哺乳动物中唯一能真正飞行的类群。其繁殖过程具有以下特点：首先，蝙蝠的妊娠期因种类而异，通常为2-6个月。多数蝙蝠每年仅繁殖一次，妊娠期间雌性蝙蝠会形成妊娠带（placenta），为胎儿提供营养。例如，狐蝠的妊娠期约为4个月，而小蝙蝠的妊娠期可能仅需6周。
其次，蝙蝠幼崽出生时发育不完全，需依赖母体照顾。新生幼崽体重仅为成体的5%-10%，皮肤裸露，眼睛未睁开，无法独立飞行。母蝙蝠会通过乳腺分泌高脂肪、高蛋白的乳汁哺育幼崽，幼崽通常在1-2个月后断奶，但可能继续留在母体身边学习飞行和捕食技巧。此外，蝙蝠的繁殖策略与其栖息环境密切相关。洞穴栖息的蝙蝠通常形成大型繁殖群，以提高幼崽的存活率。例如，墨西哥的蝙蝠洞中，数百万只雌性蝙蝠会聚集在洞顶，形成“蝙蝠托儿所”，共同抵御天敌。部分蝙蝠种类还表现出“延迟着床”现象，即受精卵在子宫内暂停发育，待环境适宜时再继续妊娠，以适应食物资源的季节性变化。